Secara Teori terdapat beberapa teori yang membahas tentang asal-usul manusia yang sekarang menghuni wilayah Nusantara ini. Teori-teori tersebut antara lain sebagai berikut.
Teori Yunan
Teori ini didukung oleh beberapa sarjana seperti R.H Geldern, J.H.C Kern, J.R Foster, J.R Logen, Slametmuljana, dan Asmah Haji Omar. Secara keseluruhan, alasan-alasan yang menyokong teori ini yaitu sebagai berikut.
1. Kapak Tua yang ditemukan di wilayah Nusantara memiliki kemiripan dengan Kapak Tua yang terdapat di Asia Tengah. Hal ini menunjukkan adanya migrasi penduduk dari Asia Tengah ke Kepulauan Nusantara.
2. Bahasa Melayu yang berkembang di Nusantara serumpun dengan bahasa yang ada di Kamboja. Hal ini menunjukkan bahwa penduduk di Kamboja mungkin berasal dari Dataran Yunan dengan menyusuri Sungai Mekong.
Arus perpindahan ini kemudian dilanjutkan ketika sebagian dari mereka melanjutkan perpindahan dan sampai ke wilayah Nusantara. Kemiripan bahasa Melayu dengan bahasa Kamboja sekaligus menandakan pertaliannya dengan Dataran Yunan.
Teori ini merupakan teori yang paling populer dan diterima oleh banyak kalangan. Berdasarkan teori ini, orang-orang Nusantara datang dan berasal dari Yunan. Kedatangan mereka ke Kepulauan Nusantara ini melalui tiga gelombang utama, yaitu perpindahan Bangsa Melanesoid (Orang Negrito), Melayu Proto, dan juga Melayu Deutro.
1. Bangsa Melanesoid (Orang Negrito)
Bangsa Melanesoid merupakan penduduk paling awal di Kepulauan Nusantara. Mereka diperkirakan sudah mendiami kepulauan ini sejak 1000 SM. Hal ini didasarkan pada hasil penemuan arkeologi di Gua Cha, Kelantan, Malaysia.
Bangsa Melanesoid ini kemudian menurunkan orang Semang, yang sekarang banyak terdapat di Malaysia dan juga di Papua. Bangsa Melanesoid mempunyai ciri-ciri fisik berkulit gelap, berambut keriting, bermata bundar, berhidung lebar, berbibir penuh, serta ukuran badan yang pendek.
Setelah tiba di Nusantara, Bangsa Melanesoid mulai hidup menetap walaupun seminomaden. Jika sudah tidak mendapatkan makanan lagi mereka berpindah. Oleh karena itu mereka memilih daerah yang banyak menghasilkan. Alat-alat sederhana yang digunakan Bangsa Melanesoid adalah alat-alat tulang dan tanduk rusa be
Kebudayaan Bangsa Melanesoid ini adalah kebudayaan Mesolitikum yang sudah mulai hidup menetap dalam kelompok, sudah mengenal api, meramu dan berburu binatang. Teknologi pertanian juga telah dimiliki sekalipun mereka belum dapat menjaga kesuburan tanah agar satu bidang tanah dapat ditanami berkali-kali. Cara bertani mereka masih dengan system perladangan berpindah-pindah.
2. Bangsa Melayu Tua (Proto Melayu)
Perpindahan orang Melayu Proto ke Kepulauan Nusantara diperkirakan terjadi pada 2.000 SM. Mereka mempunyai peradaban yang lebih maju daripada Bangsa Melanesoid. Hal ini ditandai dengan kemahirannya dalam bercocok tanam.
Bangsa Melayu Tua berasal dari rumpun Melayu Austronesia. Bangsa Melayu Tua adalah suatu ras Mongoloid yang berasal dari daerah Yunan, dekat lembah sungai Yang Tze, Cina Selatan. Ciri-ciri bangsa ini antara lain : berbadan tinggi ramping, kulit sawo matang, rambut lurus, bentuk mulut dan hidung sedang.
Faktor-faktor yang menyebabkan Bangsa Melayu Tua meninggalkan daerah asalnya adalah sebagai berikut :
1. Adanya desakan suku-suku liar yang datangnya dari Asia Tengah.
2. Adanya peperangan antar suku.
3. Adanya bencana alam berupa banjir akibat sering meluapnya Sungai She Kiang dan sungai-sungai lainnya di daerah tersebut.
Bangsa Proto Melayu masuk ke Indonesia melalui jalur barat melalui semenanjung Melayu kemudian ke Sumatera. Artefak peninggalan bangsa ini, yaitu kapak lonjong dan kapak persegi merupakan bagian dari kebudayaan Neolitikum.
Hal ini berarti orang-orang Melayu Tua telah mengenal budaya bercocok tanam yang cukup maju. Bahkan mereka sudah berternak. Pola hidup yang digunakan adalah menetap dan hal ini mengharuskan mereka untuk mengembangkan berbagai jenis dasar-dasar kebudayaan. Mereka juga telah membangun satu system politik dan pengorganisasian untuk mengatur permukiman.
3. Melayu Deutro
Perpindahan orang Melayu Deutro merupakan gelombang perpindahan orang Melayu kuno kedua yang terjadi pada 500 SM. Bangsa melayu muda memiliki cirri-ciri yang sama dengan bangsa melayu tua. Mereka membawa kebudayaan perunggu yang berasal dari Dongson, Vietnam.
Hasil kebudayaannya seperti nakara, moko dan kapak corong. Penyebaran kebudayaan perunggu ini dilakukan oleh bangsa Deutro Melayu dari daratan Asia melalui Thailand dan Malaysia Barat, masuk ke Indonesia secara menyebar merata kea rah barat dan timur.
Mereka merupakan manusia yang hidup di pantai dan mempunyai kemahiran dalam berlayar. Keturunannya berkembang menjadi suku-suku antara lain Aceh, Minangkabau (Sumatra Barat), Jawa, Bali, Bugis, Makasar.
Teori Nusantara
Teori ini menyatakan bahwa asal mula manusia yang menghuni wilayah Nusantara ini tidak berasal dari luar melainkan mereka sudah hidup dan berkembang di wilayah Nusantara itu sendiri. Teori ini didukung oleh sarjanasarjana seperti J. Crawford, K. Himly, Sutan Takdir Alisjahbana, dan Gorys Keraf.
Akan tetapi, nampaknya teori ini kurang populer dan kurang banyak diterima oleh masyarakat. Teori Nusantara di
dasarkan pada alasan-alasan seperti di bawah ini
1. Bangsa Melayu dan bangsa Jawa mempunyai tingkat peradaban yang tinggi. Taraf ini hanya dapat dicapai setelah perkembangan budaya yang lama. Hal ini menunjukkan bahwa orang Melayu tidak berasal dari manamana, tetapi berasal dan berkembang di Nusantara.
2. K. Himly tidak setuju dengan pendapat yang mengatakan bahwa bahasa Melayu serumpun dengan bahasa Champa (Kamboja). Baginya, persamaan yang berlaku di kedua bahasa tersebut adalah suatu fenomena yang bersifat “kebetulan”.
3. Manusia kuno Homo Soloensis dan Homo Wajakensis yang terdapat di Pulau Jawa. Penemuan manusia kuno ini di Pulau Jawa menunjukkan adanya kemungkinan orang Melayu itu keturunan dari manusia kuno tersebut, yakni berasal dari Jawa.
4. Bahasa yang berkembang di Nusantara yaitu rumpun bahasa Austronesia, mempunyai perbedaan yang sangat jauh dengan bahasa yang berkembang di Asia Tengah yaitu bahasa Indo-Eropah.
Teori “Out of Africa”
Hasil penelitian mutakhir/kontemporer menyatakan bahwa manusia modern yang hidup sekarang ini berasal dari Afrika. Setelah mereka berhasil melalui proses evolusi dan mencapai taraf manusia modern, kemudian mereka bermigrasi ke seluruh benua yang ada di dunia ini.
Apabila kita bersandar pada teori ini, maka bisa dikatakan bahwa manusia yang hidup di Indonesia sekarang ini merupakan hasil proses migrasi manusia modern yang berasal dari Afrika tersebut. Hasil penelitian terbaru menunjukkan bahwa fosil-fosil manusia purba yang ditemukan di Indonesia atau khususnya di daerah Jawa Tengah dan Jawa Timur tidak mempunyai hubungan langsung dengan manusia modern.
Dengan demikian, nampaknya jenis-jenis manusia purba yang pernah hidup di Indonesia khususnya Jawa, seperti Meganthropus Palaeojavanicus, Pithecanthropus Erectus, Homo Soloensis, Homo Wajakensis, dan sebagainya telah mengalami kepunahan.
Mereka pada akhirnya digantikan oleh komunitasmanusia yang berasal dari Afrika yang melakukan proses migrasi hingga sampai di Kepulauan Nusantara. Nampaknya teori ini perlu terus dikaji dan disosialisasikan, sehingga dapat diterima oleh masyarakat.